¿Cómo calcular el valor genómico y por qué le puede servir para el futuro?

Por: 
CONtexto ganadero
25 de Abril 2022
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Calcular el valor genómico futuro de la genómica
Foto: lavozdeasturias.es - since-sucre.gov.co

La valoración genómica es un tema que va a dar mucho de qué hablar en el futuro. La incorporación de la información genómica a los procesos de evaluación genética ya es un hecho en muchos países, por eso es importante que se vaya a dando a conocer y la forma en que se puede calcular.

 

Para nadie es un secreto que el futuro de la ganadería está en la genómica, es por eso que existe una necesidad que haya un sistema de recogida de información fenotípica, sea de caracteres productivos o de morfología, de salud, fertilidad, entre otros; así como un libro de registro de genealogías para tener una evaluación genética en un país determinado, como Noureddine Charfeddine explica la Revista Frisona.

 

A esto hay que sumarle la necesidad de crear una base de datos genómicos que incorpore la información de los distintos SNPs (polimorfismos de nucleótido únicode cada animal genotipado, sea hembra o macho para calcular su índice genómico en la base de cada país. 

 

Francis S. Collins, M.D.,Ph.D., citado en National Human Genome Research Institute, dice, al referirse a los polimorfismos de nucleótido simple, que "Esta es una frase muy larga, solo para entender algo muy simple que significa "cortar". Este es realmente un concepto simple. Se refiere a los lugares en el genoma donde las personas (nota del editor: en este caso animales) son diferentes en un lugar específico. Aproximadamente en una de cada 1.000 letras del código se encuentra uno de estos lugares. En éste, una persona puede tener una C y otra puede tener una T. Esto es lo que se llama un SNP. La mayoría de los SNPs no tienen mucho significado, porque están en una parte del genoma que no tiene una función crítica. Sin embargo, algunos de ellos confieren un riesgo para una enfermedad como por ejemplo la diabetes o enfermedades cardiacas. Esos son de gran interés, debido a que aportan datos acerca de por qué suceden esas enfermedades".

 

Regresando al mundo ganadero son muchas las preguntas que se hacen  el día de hoy enfocadas en ¿de dónde salen los índices llamados valores genómicos?, ¿cómo se calculan?, ¿hasta dónde se puede fiar de una prueba de un toro genómico?, ¿hasta cuánto un ganadero debe pagar por un toro genómico? (Lea: ‘En palabras claras, ¿para qué me sirve la genómica en mi finca?’)

 

Esta es la razón por la que el experto explica que para calcular el valor genómico se deben seguir una serie de pasos:

 

- En primera instancia se genotipa una población de animales con prueba de progenie con cierta fiabilidad, llamada población de referencia.

 

- Luego se estiman los efectos de los SNPs sobre cada carácter en la población de referencia para establecer unas ecuaciones llamadas ecuaciones de predicción.

 

- Después se predice el valor genómico directo de los animales que no forman parte de la población de referencia, a partir de las ecuaciones de predicción y el genotipo de dichos animales.

 

- En el último paso se combina el valor genómico directo con el índice de pedigrí o el índice genético tradicional para formar lo que se llama índice genómico.

 

Actualmente hay trabajos de investigación que intentan hacer los tres últimos pasos en uno solo. Sin embargo, el alto costo computacional que supone mezclar las relaciones de parentescos tradicionales con las relaciones genómicas hace que no sea una tarea fácil.

 

En la mayor parte del mundo, solo se incluyen a los machos en la población de referencia. Sin embargo, el experto asegura que no se descarta incluir hembras en el futuro, pues cuantos más animales hayan en la población de referencia, más exactas son las ecuaciones de predicción y, por lo tanto, más fiables son los valores genómicos predichos por estas.

 

Ecuaciones de predicción

 

Estas se calculan mediante regresiones lineales o no lineales de las pruebas nacionales o internacionales de todos los animales de la población de referencia para cada carácter sobre cada SNP en un análisis conjunto.

 

Fiabilidad del valor genómico

 

Muchos se preguntan hasta qué punto son fiables los índices genómicos. La respuesta es muy sencilla, pues es hasta el punto que lo permite la fiabilidad de ese índice genómico.

 

Una fiabilidad del 60 al 70% que es la media de los trabajos publicados hasta ahora en los países en los cuales hay evaluaciones genómicas en marcha indica que “tenemos una fiabilidad equivalente a una prueba de descendencia de un animal con más de 10 hijas. Antes utilizábamos toros de prueba con un índice de pedigrí que sabemos que tienen una fiabilidad media del 35%. Ahora, aparte de esa información que nos aporta el valor genético de los padres, añadimos otra información obtenida del propio animal, que diferencia de sus hermanos completos y que nos da un indicador de cómo ha sido agraciado dicho animal con respecto a sus hermanos a la hora de heredar una parte u otra del genoma de sus padres”, describe el profesional.

 

Pero no deja de ser una prueba que se puede catalogar todavía como prueba de baja fiabilidad. De media, la genómica hace más creíbles los índices genéticos de los animales jóvenes porque están más correlacionados con sus méritos verdaderos que los índices de pedigrí.

 

Sin embargo, eso no impide que, por un animal en concreto, su valor genómico sea muy distinto de su prueba por descendencia, por esto se habla de fiabilidad al 70% y no una fiabilidad al 100%.

 

La fiabilidad del valor genómico se mide como la correlación al cuadrado entre el valor genómico directo y el valor genético estimado por prueba de descendencia sobre una parte de la población de referencia reservada inicialmente para un proceso llamado validación cruzada. Este proceso comprueba la exactitud de las ecuaciones de predicción para calcular el valor genómico directo. (Lea: Genómica, un plan para tener hatos más productivos)

 

La fiabilidad de la valoración genómica depende de muchos factores:

 

- El tamaño de la población de referencia.

 

- La heredabilidad del carácter.

 

- El numero de SNPs utilizados por predicción.

 

- La metodología utilizada para estimar los efectos de los SNPs.

 

Para obtener mayor fiabilidad para caracteres de baja heredabilidad es muy importante tener muchos animales en la población. El factor limitante sobre el cual se puede actuar para mejorar la fiabilidad de las pruebas genómicas es el tamaño de la población de referencia.

 

¿Es importante el uso de toros con prueba de descendencia?

 

Es fundamenta seguir utilizando toros probados a partir de datos de sus hijas. El valor genómico directo predice el mérito genético con cierta fiabilidad que se irá matizando a medida que el animal vaya teniendo hijas y la información de esas crías se vaya incorporando a la evaluación genética de dicho animal.

 

Un animal con prueba calculada a partir de los datos de sus hijas y con una fiabilidad superior al 85% es un valor seguro en el cual el riego es mínimo y se tienen que seguir inseminando una gran parte de las vacas con toros de ese tipo, igual algo menos que antes. Pero la exigencia en la finca con estos animales debe ser mayor.

 

De acuerdo con el profesional, “no olvidemos que son animales relativamente mayores y por lo tanto, es una genética antigua. Si vamos a gastar en comprar semen de toros probados deben ser realmente animales de élite que pertenezcan a un percentil muy alto. De tal forma que merezca la pena gastar el dinero desembolsado por la seguridad que nos aporte”. (Lea: ¿Por qué no pensar en una prueba genómica para adelantar los tiempos de la ganadería?

 

Esta información se debe tener presente cuando se compra semen de toros con prueba genómica. Es evidente, que el precio va a ser algo más caro que el tradicional toro en prueba, pero en ningún momento hay que pagar por un toro genómico un precio comparable al de un toro probado.

 

Finalmente, es importante diversificar, es decir nunca se debe utilizar un toro con prueba genómica de forma masiva en una ganadería, así se tengan una muy buena prueba genómica.